Thèse 2018-2021

Thèse d’université cofinancée Anses-Cirad-Inra

Modélisation du paysage agricole et de la dynamique des bioagresseurs de cultures pour l’accompagnement des réseaux d’épidémio-surveillance : application au paysage agrumicole réunionnais

Les agricultures traditionnelles représentent un véritable défi pour l’épidémio-surveillance des maladies de plantes cultivées. A la structure particulière de ces paysages agricoles, caractérisés par une petite surface totale, des parcelles de petite taille, plus ou moins entourées de réservoirs s’ajoute le fait qu’ils sont souvent présents dans des territoires présentant de fortes hétérogénéités bioclimatiques (altitude, hygrométrie). De ce fait, on peut supposer que ces systèmes se caractérisent par une forte stochasticité qui compromet l’usage de modèles génériques pour la prédiction des risques d’émergence et des dynamiques épidémiologiques. L’agrumiculture réunionnaise est un exemple typique de ces agrosystèmes, en proie à des émergences récurrentes de bioagresseurs de cultures. Dans ce contexte, le sujet de thèse vise à explorer comment ces paysages agrumicoles particuliers résistent ou non à l’émergence de nouveaux bioagresseurs, comment les bioagresseurs circulent dans ces paysages après l’émergence et comment organiser l’épidémio-surveillance en tenant compte de leurs caractéristiques. Pour ce faire, nous proposons (i) d’étudier la structure du paysage agrumicole à la Réunion et l’organisation de la surveillance actuelle, (ii) modéliser des paysages de même structure, (iii) modéliser des dynamiques de bioagresseurs des agrumes dans ces paysages, (iv) modéliser différentes stratégies de surveillance de ces bioagresseurs. Les résultats de ces recherches seront appliqués au cas du HLB sur agrumes, actuellement en ré-émergence à la Réunion.

Mots clés : systèmes d’information géographique, parcellaire, épidémiologie, métapopulation, traits d’histoire de vie, réseaux d’épidémio-surveillance, émergence, éradication précoce

En savoir plus…

Accueil et encadrement : En raison de positionnement multidisciplinaire, la thèse bénéficiera d’un encadrement multiple émanant d’une part de deux unités de recherche, au travers de Virginie Ravigné (encadrante principale, Cirad – UMR PVBMT, Saint-Pierre, Réunion) et Samuel Soubeyrand (Inra – BIOSP, Avignon), et d’autre part de deux unités Anses au travers de Pauline de Jerphanion  (Anses, UCAS, Lyon) et Aude Chabirand (Anses, LSV-RAPT, Saint-Pierre, Réunion). Le (la) doctorant(e) sera accueilli(e) au sein du Pôle de Protection des Plantes de Saint-Pierre (Réunion, France) qui héberge l’UMR PVBMT et l’unité LSV-RAPT de l’Anses. Il sera inscrit à l’école doctorale STS de l’Université de la Réunion.

 

Compétences recherchées : La conduite de ce projet nécessite un goût prononcé pour la modélisation, en particulier via la programmation de simulations informatiques. Une maîtrise des concepts généraux de dynamique des populations et d’épidémiologie, ainsi que d’écologie du paysage est également importante. De solides bases de statistiques seront également nécessaires. Des notions de pathologie végétale et d’agronomie, ainsi que sur les systèmes d’information géographique sont un plus.

 

Date limite de candidature : 6 mai 2018.

Informations pratiques : Le(la) doctorant(e) bénéficiera d’un contrat doctoral d’environ 1350€ nets par mois pour une durée de 3 ans à compter de septembre 2018. Son trajet d’installation à la Réunion sera pris en charge par le Cirad ainsi qu’un billet d’avion aller-retour Réunion-métropole par an.

Contact : Virginie Ravigné virginie.ravigne@cirad.fr, +262 262 49 27 24

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